Die dem heiligen Mauritius geweihte Kirche gilt als die älteste weitum. Die erste Kirche Pfeffikons entstand vermutlich im 8. Jahrhundert. 1346 wurde die Pfarrei Pfeffikon dem Stift Beromünster inkorporiert.
Das Pfarreigebiet erstreckte sich einst von den Höhen Niederwetzwils bis zum Hallwilersee und umfasste die folgenden Orte: Pfeffikon, Reinach, Menziken, Burg, Maihusen, Witwil, Beinwil, Leimbach, Gontenschwil, Mullwil und Niederwetzwil. Die Pfarrei vereinigte also Teile des Kantons Luzern und des Kantons Aargau (damals Bern).
Im Verlaufe der Jahrhunderte verkleinerte sich die Pfarrei auf die heutige Grösse. 1966 wurde die Pfarrei endgültig vom Chorherrenstift Beromünster abgelöst.
Seit 1812 bildet Pfeffikon zusammen mit dem Weiler Maihusen (Gemeinde Beromünster, Ortsteil Gunzwil) eine kleine Pfarrei mit etwa 380 Katholiken.
Aus dem Historischen Lexikon der Schweiz
Autorin Waltraud Hörsch
Einwohner in Pfeffikon: "... 1045 Faffinchouen (Kopie 14. Jh.), 1173 Phafinchon. 1456 ca. 110 Einw.; um 1695 ca. 342; 1850 496; 1900 438; 1950 527; 2000 686; 2015 723.
1838-39 Funde von Fundamentresten eines röm. Gutshofs auf dem Kirchhügel. Die 1045 erstmals erwähnte, vermutlich frühmittelalterliche. Kirche St. Mauritius bildete bis zur Inkorporation ins Stift Beromünster 1346, das Zentrum einer grossen Kirchgenossenschaft mit den Dörfern Pfeffikon, Reinach, Menziken, Burg, Gontenschwil (Filialkaplanei), Beinwil (Filialkapelle), Leimbach, Witwil sowie Höfen bei Rickenbach und Beromünster.
Durch Schenkung der Grafen von Lenzburg gelangten Eigenleute, Güter und Rechte in Pfeffikon bereits vor 1045 ans Stift Beromünster. 16 Pfeffiker Höfe innerhalb der alten Pfarrei Pfeffikon gehörten bis 1898 zum Stift Beromünster, das auch die Niedergerichtsbarkeit ausübte. Die Hochgerichtsbarkeit ging 1415 von den Grafen von Habsburg an die Stadt Luzern über; Pfeffikon kam zum Michelsamt.
Während der Helvetik gehörte Pfeffikon zum Distrikt Münster, dann 1803-14 zum Amt Sursee sowie zum Gemeindegericht Münster, 1814-1913 zum Bezirksgericht Münster. Die Kirche Pfeffikon wurde nach einem Einsturz 1524 neu erbaut, 1541 eingeweiht und nach einem Dorfbrand (1679) 1680-84 im Barockstil umgebaut.
Die Pfarrei schrumpfte mit der Reformation weiter, auch durch die Abtrennung von Gebieten 1806, die Rickenbach und Beromünster zugeteilt wurden. Sie bildet seit 1812 mit der Exklave Maihusen (Gemeinde Beromünster, Ortsteil Gunzwil) noch eine kleine Pfarrei.
In Pfeffikon produzierten die Bauern im Dreizelgensystem v.a. Getreide, daneben betrieben sie etwas Feldgrasbau und Viehwirtschaft. 1765-1848 befand sich in Pfeffikon eine Luzerner Zollstelle. 1888 wurde die Zigarrenfabrik, die spätere Villiger Söhne AG, gegründet. Im ersten Jahrzehnt des 21. Jahrhunderts bildete Pfeffikon zusammen mit Menziken und Reinach eine Wirtschaftsregion. 2005 stellte der 2. Sektor 86% der rund 274 Arbeitsplätze in Pfeffikon".